事業者がどのような機能を使っているのか確かめる方法はありますか？

事業者がMikatano ワークスやMikatano インボイス管理のうち、機能のいずれかを利用されているのかを具体的に確かめる機能は現時点ではありません。
ただし、Mikatano インボイス管理を利用されている場合、事業者管理>事業者情報>請求書情報より登録された請求書情報を確認いただくことができます。